我们的骨头不是静止的：在一个被称为骨重塑的过程中，材料在不断地被添加、移除和转移。最近的研究表明，肠道微生物可能通过多种机制影响骨重塑，包括与免疫系统和激素系统的相互作用。微生物也会因为自身的新陈代谢而产生各种分子，其中一些代谢物与负责骨重塑的细胞间接相互作用。对送往国际空间站的啮齿动物的研究发现，肠道微生物群的变化可能与宇航员的骨质流失有关。在国际空间站呆了一个月或更长时间的啮齿动物的微生物群发生了变化，更加多样化，而在太空中大量繁殖的细菌物种可能有助于增加影响骨骼重塑过程的分子的产生。