与标准的抗生素治疗相比，粪便移植被发现可以提高艰难梭菌感染(C. diff)的复苏率，77% 接受粪便移植的患者在 8 周内没有再次感染，而仅接受抗生素治疗的患者中只有 40% 达到了相同的结果。艰难梭菌是一种细菌，它可以导致患有不健康肠道细菌混合物(称为生态失调)的人患上危及生命的腹泻疾病。生态失调最常见的原因是抗生素治疗，虽然抗生素对细菌感染非常有效，但它们也会损害肠道内的有益细菌，即肠道微生物群。通常“好”细菌的生态系统恢复得很快，但偶尔“坏”细菌如艰难梭菌接管并引起严重的腹泻。艰难梭菌感染的标准治疗包括抗生素，可能会进一步加剧生态失调。可能导致短暂的治疗效果后反复感染的恶性循环。这种情况发生在近三分之一的感染者身上。根据美国疾病控制与预防中心的数据，每年仅在美国就有大约 25 万例艰难梭菌感染，造成大约 1.2 万人死亡。